玻璃体手术虽可治疗许多复杂疑难眼病，但它手术难度大，并发症较多，可分为术中及术后并发症两大类。
术中并发症：
(1)脉络膜脱离常见灌注水管插入脉络膜上腔，发现后立即停止手术，拔出水管，从另一切口注液可使脉络膜复位。
(2)晶体虹膜表面出现渗出液术中眼压过低。
(3)角膜上皮水肿水肿严重者可刮除混浊上皮，一般术后几日内可恢复。
(4)瞳孔缩小术前瞳孔充分散大；术中灌注液内可加肾上腺素。
(5)虹膜意外切除。
(6)晶体损伤形成白内障；晶体切割困难。
(7)玻璃体视网膜出血。
(8)视网膜裂孔及网脱切割头，笛形针等器械伤及网膜所致。
术后并发症：
(1)角膜并发症角膜上皮、基质水肿，变性。
(2)青光眼术后青光眼可以是暂时性的。
主要由玻璃体腔注气或填充硅油所致。也可表现为血影细胞性或新生血管性青光眼。
(3)白内障玻璃体腔内的气体或硅油与晶体接触影响了晶体的营养代谢所致。
(4)玻璃体再出血多见血管性疾病病人，多是由残存的新生血管出血所致。
(5)视网膜脱离主要是医源性。
(6)眼内炎极少见；术后眼球剧痛，眼睑及结膜水肿，呈白瞳孔。
(7)交感性眼炎较少见、多发生在眼球穿通伤的病人，内眼手术后偶见。
(8)眼球萎缩发生率在3％～30％，多见于眼球穿通伤，增殖性玻璃体视网膜病变，术后网膜未复位，炎症反应及出血等综合因素所致。
(9)脉络膜脱离，气体进入脉络膜上腔或视网膜下造成，也可造成视网膜脱离。
(10)视网膜中央动脉阻塞注入过量的气体或硅油使眼压急剧增高所致。
